La sua posizione su un pianoro tufaceo,difeso da profondi burroni, ha favorito nei secoli passati sicuri insediamenti come attestano resti di tombe ipogee etrusche. Fu pagus falisco e dopo la distruzione di Falerii Veteres conobbe un periodo fiorente sotto la dominazione romana. Deve il suo nome all'antichissimo Cenobio di Sant'Elia. "Castello", cosi' viene chiamato dai suoi abitanti, si fa apprezzare per la coltura del tabacco e delle nocciole, oltre a quelle della vite e dell'olivo. Notevoli le iniziative di piccole industrie nel settore ceramico e in quello del mobile. Il primo documento che menziona la zona e' dell' 872 e si riferisce a una donazione fatta al Monastero di San Benedetto di Pentoma da parte di tale Gregorio. Nel 1258 i benedettini cessarono di officiare nella Chiesa di Sant'Elia che venne concessa con una bolla di Alessandro IV al Capitolo di Santo Spirito in Sassia.

Tra i possedimenti della basilica viene citato anche il castello, ovverosia l'abitato che si era andato sviluppando nel pianoro soprastante. Alla fine del XII secolo venne ceduto in feudo agli Orsini. La donazione di Nepi e Ronciglione fatta da Paolo III al figlio Pier Luigi Farnese nel 1540, comprendeva anche l'Abbazia di Suppentonia . Nel 1650 il Castello di Sant'Elia passo' al governo della Chiesa. Si entra nel borgo attraverso una porta dalle forme medioevali con torretta, orologio e stemma dei Farnese. L'abitato che si attesta sul roccione a picco sulla valle, contiene ruderi di una rocca risalente a Gregorio Magno, alcune fortificazioni duecentesche con baluardi rinascimentali, un intricato dedalo di viuzze e casette, la Parrocchiale, con le reliquie dei protettori Sant'Anastasio e San Nonnoso e la settecentesca Villa dei Petretti.

I due monumenti piu' significativi si trovano pero', fuori dal centro storico: sono il Santuario di Maria Sanctissima ad Rupes e la Basilica di Sant'Elia. Per accedere al santuario, si scende lungo un cunicolo di 14 gradini scavati nella roccia in quattordici anni di duro lavoro dall'eremita Rodio alla fin del Settecento. La Grotta Santa conserva una cinquecentesca tela della Vergine che adora il Bambino . Per un viottolo di campagna, conosciuto come la strada dei Santi si prosege alla sottostante basilica di Sant'Elia innalzata nell'VIII secolo su un preesistente cenobio benedettino,ricostruita nell'XI secolo e restaurata nel XIX secolo da Virginio Vespignani sotto il pontificato di Pio IX. E' probabile che in quel sito sorgesse il tempio pagano di Diana, edificato a sua volta su un'ara dedicata a Falacro, Dio etrusco delle rocce. La semplice facciata,a tre portali, presenta eleganti decorazioni nelle lunette laterali. Nell' interno a tre navate e tetto a capriate, si ammirano un prezioso pergamo risalente al pontificato di Gregorio IV, ricomposto nel XII secolo con resti di recinzioni presbiteriali dell'VIII-IX secolo.

Sull'altare maggiore vi e' un elegante ciborio.Gli affreschi dell'abside e dei transetti, di ispirazione bizantina (IX secolo) sono attribuiti ai fratelli romani, Giovanni, Stefano e al loro nipote Nocolo'. Nel transetto i dipinti presentano vecchi barbuti dell'Apocalisse, fatti relativi alla morte e alle esequie di Sant' Anastasio e scene tratte dall'Apocalisse di San Giovanni. Dell'adiacente monastero, non rimangono piu' tracce se non nel piccolo cimitero alla destra della facciata. Il nome Suppentonia, oggi esteso all'intera valle, ci fa pensare alle cinque(pentoma) abbazie benedettine che circondavano Roma; il suffisso "sub" lascerebbe supporre che la comunita' religiosa di Sant'Elia fosse considerata come dipendenza di una delle abbazie. Il territorio del fondovalle riserva un ambiente assai suggestivo, di selvaggia bellezza, con la boscaglia stretta fra ripidi pendii profondamente incisi dal fosso della Ferriera.